El medicamento alopático se basa en sustancias químicas o biológicas que combaten un determinado tipo de enfermedad, muchos de ellos están financiados por el Sistema Nacional de Salud y tienen unas indicaciones concretas.
Los remedios homeopáticos son normalmente productos biológicos en bajísimas concentraciones y adaptados para cada paciente. Su eficacia se comprueba en alergias, afecciones dermatológicas, faringitis, reumatismos, amigdalitis, asma y depresión, de una forma empírica.
FEFE señala además que los medicamentos homeopáticos están sujetos a una legislación por la que su prescripción y dispensación es legal y obligada para el farmacéutico como en cualquier otro medicamento. Estos productos se rigen por la Directiva 92/73/CEE del Consejo, de 22 de septiembre de 1992, por la que se amplía el ámbito de aplicación de las Directivas 65/65/CEE y 75/319/CEE relativas para los medicamentos homeopáticos